Pepperrot skrelles før bruk, og brukes gjerne revet, høvlet eller skåret i små biter. Pepperrot har en meget sterk smak og brukes hovedsakelig som krydder til sauser, salater, til roastbiff eller oksestek og supper. Mest kjent er kanskje pepperrotkrem som serveres til laks, ørret eller andre fiskeretter.